| 1804-1858 | Direktor Prof. Franz Joseph Fröhlich |
| 1859-1873 | Direktor Johann Georg Bratsch |
| 1873-1875 | Direktor Theodor Fürchtegott Kirchner |
| 1876-1907 | Direktor Dr. Karl Kliebert |
| 1907-1920 | Direktor Max Meyer-Olbersleben |
| 1920-1945 | Direktor Prof. Dr. med. h. c. Hermann Zilcher |
| 1947-1956 | Direktor Prof. Franz Rau |
| 1956-1979 | Direktor, ab 1973 Präsident Prof. Hanns Reinartz |
| 1979-1987 | Präsident Prof. Bertold Hummel |
| 1987-1995 | Präsident Prof. Franz Hennevogl |
| 1995-2003 | Präsident, ab 1999 Rektor Prof. Dr. h. c. Dieter Kirsch |
| 2003-2007 | Rektorin Prof. Silke-Thora Matthies |
| 2007-2013 | Präsident Prof. Helmut Erb |
| 2013-2017 | Präsident Prof. Dr. phil. habil. Bernd Clausen |
| seit 2017 | Präsident Prof. Dr. Christoph Wünsch |
