Künstlerischer Einzelunterricht und Gruppenunterricht in den Fächern Musiktheorie, Gehörbildung, Musikwissenschaft, Musikpädagogik, Didaktik und Methodik usw. bestimmen bis heute den Unterrichtsalltag der Hochschule und sind vielfach fotografisch dokumentiert [→ Fotosammlung]. Praktika, Exkursionen, Projekte und die Arbeit in Modellklassen (von zentraler Bedeutung in der Elementaren Musikpädagogik) ergänzen diese Vermittlungsweisen. Der traditionell hohe Stellenwert des Lernens in der Meister-Schüler-Beziehung ergibt sich aus dem individuellen Zusammenspiel von zwei Künstlerpersönlichkeiten, die unmittelbar aufeinander reagieren, wobei Methode, Erfahrung und Sensibilität für das Potential des Gegenübers das Handeln des Lehrers bestimmen. Der Wunsch von Studierenden, sich hierbei von unterschiedlichen Persönlichkeiten inspirieren zu lassen, erklärt im Übrigen die Beliebtheit von Meisterkursen, einem weiteren, punktuell und zeitlich auf ein paar Tage eingeschränkten Lehr-/ Lernformat.

Beseelt Forschergeist jeden Lehrer, der sich offen für neue Erfahrungen zeigt, so kann sich dies im künstlerischen Bereich in Forschungsprojekten verdichten. Sie gehen von einer konkreten Fragestellung aus und suchen über methodisch reflektierte Schritte eine Antwort – nicht anders als in der Wissenschaft, wobei hier aber das künstlerische Experimentieren im Vordergrund steht.

Die wissenschaftliche Reflexion als Ergänzung des praktischen künstlerischen und pädagogischen Handelns konnte sich erst nach der Erhebung des Staatskonservatoriums zur Hochschule etablieren. Bezeichnend dafür ist die allmähliche Ausweitung des traditionellen obligatorischen Unterrichts in Musikgeschichte um systematische musikwissenschaftliche Themen (Musiksoziologie, Musikpsychologie u.a.m.) sowie Aspekte der Musikethnologie. Bahnbrechend wirkte hier Dr. Klaus Hinrich Stahmer, der von 1969 bis 2004 als Professor am Haus tätig war. Als Konsequenz wurde 1995 in Würzburg – zum ersten Mal an einer bayerischen Musikhochschule – zusätzlich eine Professur für Systematische Musikwissenschaft eingerichtet. Auf wissenschaftliche Forschung beziehen sich auch die Musikpädagogik und Teile der Musiktheorie. 1998 erhielt die Hochschule wie alle Bayerischen Kunsthochschulen das Promotionsrecht. Bis heute haben sieben Kandidatinnen und Kandidaten ihre Dissertation erfolgreich verteidigt.

Zum Leben eines jeden Wissenschaftlers gehört es zu forschen und die Ergebnisse zu veröffentlichen. Dass wissenschaftliche Forschung auch zum Hochschulalltag gehört, zeigt sich nicht nur in der Fülle der Abschlussarbeiten in den pädagogischen Fächern, sondern auch an einer Reihe von Publikationen, die seit 1986 im Namen der Hochschule erschienen sind. Dazu gehören Bücher, die sich mit ihrer Geschichte beschäftigen, aber auch Sammelbände zu Aspekten der zeitgenössischen Musik.