Obwohl der Klavier- und Gesangsunterricht immer viele Studierende anzog, verstand sich das Staatskonservatorium seit der Ära Hermann Zilcher (1920–1945) vornehmlich als Orchesterschule, d.h. die Ausbildung von Orchestermusikern galt als Zentrum der Arbeit. Parallel dazu begriff sich das Konservatorium (von lat. conservare = bewahren) als eine Art Bewahranstalt für die deutsche Tradition der Musik. Die Klassiker von Bach bis Reger dominierten das Studienrepertoire – was den Berufserfordernissen in den meisten Orchestern in Deutschland durchaus entsprach. Werke ausländischer Komponisten und zeitgenössische Musik spielten nur eine ganz untergeordnete Rolle; Unterhaltungsmusik war völlig verpönt.

Dieses Selbstverständnis trug auch das wiedereröffnete Staatskonservatorium. Vom Erfolg dabei zeugt die beträchtliche Anzahl von Orchester- und Bühnenengagements seiner Absolventen. Das Staatskonservatorium maß aber vor dem Hintergrund der als desolat empfundenen Bildungssituation in der Nachkriegszeit der Qualifizierung von Musiklehrerinnen und Musiklehrern im so genannten Privatmusiklehrerseminar eine besondere Bedeutung bei. In der Folge kam es zu einer weiteren Stärkung des pädagogischen Bereichs, zunächst durch die Einrichtung der Schulmusikstudiengänge. Es war das künstlerische Lehramt an Gymnasien, das dem Staatskonservatorium 1973 den Hochschulstatus einbrachte. Des Weiteren entwickelte sich in Zusammenarbeit mit dem Stadttheater die Opernschule. Im instrumentalen Bereich kam es zur Ausdehnung des Studienangebots über den traditionellen Fächerkanon hinaus. Den Anfang machten hier die historischen Instrumente.

Die Berufung Bertold Hummels, eines Komponisten mit internationalem Renommee, als Leiter der Kompositionsklasse 1974 markiert die gewachsene Bedeutung der zeitgenössischen Kunstmusik innerhalb der Hochschule. Sie wurde durch die Zusammenarbeit mit dem Studio für Neue Musik des Tonkünstlerverbands Würzburg gestützt. Die Integration von drei Klangobjekten in das Foyer (links vom Eingang) hat hier durchaus eine symbolische Bedeutung. Einher damit ging innerhalb der pädagogischen Studiengänge die Öffnung für Musiken, die neben der europäischen Kunstmusik die Musikkultur bestimmen, vor allem für den Jazz. Als ein Schlüsseldatum für die Pluralisierung der Studieninhalte kann das Jahr 2001 mit der Integration der Fachakademie für Musik (Hermann-Zilcher-Konservatorium) gesehen werden.

Im Mittelpunkt des Studiums der klassischen Instrumente steht nach wie vor die Beschäftigung mit dem klassischen Repertoire. Neueren Berufsanforderungen folgend hat im Zuge der Modularisierung des Studiums das Ensemblemusizieren (Kammermusik) einen zentralen Stellenwert erhalten.