Gegenstand der Kooperation zwischen der HfM Würzburg und der Universität Würzburg ist die Sicherstellung eines gegenseitigen Austauschs in der musikwissenschaftlichen sowie der musikpädagogischen Lehre, die Verleihung des akademischen Grades eines Doktors der Philosophie sowie die Regelung der Einschreibung in den Lehramtsstudiengängen Musik, die Vereinnahmung und Verteilung der Studienbeiträge und die Modalitäten der Prüfungsverwaltung. Darüber hinaus ist in einer Vereinbarung mit dem Zentrum für Sprachen der Universität Würzburg der Italienischunterricht für Studierende im Studiengang Bachelor Gesang geregelt.