Stefan Albers studierte in Karlsruhe in der Klasse von Prof. Renate Greiss- Armin. Er beendete die Studiengange Diplom-Musiklehrer und Künstlerische Ausbildung jeweils mit Auszeichnung. Während der Studienzeit bekam er die Möglichkeit in diversen Auswahlorchestern mitzuwirken. So wurde er zur Deutschen Kammerakademie Neuss eingeladen und zweimal ins Auswahlorchester des Schleswig-Holstein Musikfestival berufen. Stefan Albers war Akademist am Opernhauses Zürich und Mitglied des Gustav-Mahler-Jugendorchesters.

Kammermusikerfahrung sammelte Stefan Albers als Stipendiat der Stiftung Villa Musica, der er von 2002 bis 2006 angehörte. Er arbeitete dort mit namhaften Dozenten wie Aurele Nicolet, Jean-Claude Gerard, Klaus Thunemann, Ingo Goritzki und Heinz Holliger zusammen. Außerdem besuchte Stefan Albers Meisterkurse bei Andrea Lieberknecht, Barthold Kuijken und Jeanne Baxtresser.

Im Frühjahr 2005 war Stefan Albers Finalist und Stipendiat des Deutschen Musikwettbewerbes in Berlin und konnte deshalb in der Spielzeit 2006/2007 an der 50. Bundesauswahl Konzerte Junger Künstler teilnehmen. Ebenso war er Semifinalist des Internationalen Flötenwettbewerbes in Kobe/Japan.

Von 2005 bis 2007 studierte Stefan Albers in der Solistenklasse von Prof. Jacques Zoon in Genf und ist seit 2006 Solo-Flötist am Mainfranken-Theater Würzburg. Als Solist trat er bei den Bad Hersfelder Festspielen, dem Mozartfest Würzburg und bei Sinfoniekonzerten der Würzburger Philharmoniker in Erscheinung. Stefan Albers ist regelmäßiger Gast als Solo-Flötist in Orchestern wie dem Museumsorchester Frankfurt, der Deutschen Radiophilharmonie Saarbrücken – Kaiserslautern, den Stuttgarter Philharmonikern, dem Staatstheater Nürnberg, den Nürnberger Sinfonikern oder den Theatern in Meinigen und Ulm.

Als Lehrbeauftragter der Julius-Maximilians-Universität Würzburg betreute Stefan Albers von 2006 bis 2018 Studenten der Musikpädagogik. Auf Einladung der Deutschen Gesellschaft fur Flöte wirkte er bei einem Konzert und Meisterkurs bei den Würzburger Flötentagen mit. 2015 und 2017 wurde er zu Meisterkursen in Busan, Daegu und Seoul/Süd-Korea eingeladen. Von 2018 bis 2020 betreute Stefan Albers im Lehrauftrag gemeinsam mit Prof. Stephanie Winker die Flötenklasse an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt am Main.

Mit Beginn des Wintersemesters 2018/19 übernahm Stefan Albers zunächst die Professurvertretung an der HfM Würzburg. Zum Wintersemesters 2019/20 wurde er zum Professor an die HfM Würzburg berufen.