Seit Oktober 2018 ist Anja Günther im Fachbereich Elementare Musikpädagogik und seit 2021 zusätzlich im Fachbereich Instrumental-/Vokalpädagogik an der Hochschule für Musik Würzburg tätig. Von 2022 bis 2024 war sie an der Konzeption der neuen musikpädagogischen Masterstudiengänge für EMP, Inklusive Musikpädagogik, Community Music und Vokale Musizierpraxis beteiligt. Sie ist Gründerin und Leiterin des Global Groove Orchestra, dem Ensemble für Musiken der Welt an der Hochschule für Musik Würzburg. Seit Oktober 2025 ist sie außerdem als Lehrkraft für besondere Aufgaben für Elementare Musikpädagogik an der Hochschule für Musik Nürnberg tätig. Sie gibt regelmäßig Fort- und Weiterbildungen in den Bereichen Elementare Musikpraxis, Interkulturelle Musikpädagogik, Ensemblemusizieren sowie Klezmermusik.

Anja Günther studierte im Bachelor Elementare Musikpädagogik (Prof. Barbara Metzger) mit klassischer Klarinette in Würzburg. Im Jahr 2014/15 erhielt sie ein einjähriges Stipendium an der Königlichen Musikhochschule in Stockholm (SE) und studierte dort das Masterprogramm Rhythmik. Es folgte ein künstlerisch-pädagogisches Masterstudium mit den Schwerpunkten Hochschuldidaktik und Praxis Gruppenunterricht ebenfalls in Würzburg.

Sie unterrichtete über viele Jahre an der Dekanatsmusikschule Würzburg sowie an der Sing- und Musikschule Würzburg als Elementare Musikpädagogin und Klarinettenlehrerin. Im Jahr 2024/25 war sie im Lehrauftrag für den Fachbereich „Ethnomusikologie“ an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg tätig.

Als Klarinettistin wirkte Anja Günther in unterschiedlichen Musikprojekten der deutschen Klezmer-Szene (u.a. Sher on a Shier, Halva, Klezmerorchester Erfurt, Alpenklezmer) und musiziert aktuell mit ihrem Quartett Kaleidophonics. Sie spielte auf zahlreichen Bühnen im In- und Ausland (Yiddish Summer Weimar, Ethno Krakow Festival, University of Music Haifa, Internationales Akkordeonfestival Wien). Mit der Band Halva veröffentlichte sie das Album „Dinner in Sofia“ (2021) im Label Oriente Music. Mit der Gruppe Sher on a Shier produzierte sie zwei weitere CDs im Label Raumer Records. Als Workshop-Dozentin war und ist sie für verschiedene Kulturvereine und Klezmerfestivals tätig und entwickelte ein Klezmer-Konzertformat für Kinder.