Holger Berndsen stammt aus Würzburg. Zu seinen Lehrern zählten Enikö Török und ab 1985 Prof. Arne Torger an der Hochschule für Musik Würzburg, wo er 1990 sein Diplom erwarb. 1992 besuchte er Meisterkurse bei Prof. Lew Naumow und studierte von 1994 bis 1998 bei ihm am Tschaikowsky-Konservatorium in Moskau.

Schon während seines Würzburger Studiums entwickelte sich seine Begeisterung für die Arbeit mit Sängern. Kurse bei Helmut Deutsch, Axel Bauni, Aribert Reimann und Galina Wischnevskaja trugen das ihre dazu bei.

Neben seiner andauernden Konzerttätigkeit hatte er Auftritte im Rahmen des Schleswig-Holstein-Musikfestivals, bei Ballettproduktionen des Staatstheaters Darmstadt, am Landestheater Coburg sowie im Tschaikowsky-Konservatorium Moskau (u. a. Solokonzert im Rachmaninow-Saal, 1998).

CD- und Rundfunkaufnahmen sowohl als Solist als auch mit Sängern und Kammermusikpartnern gehören ebenso zu seinem Tätigkeitsfeld wie zahlreiche Uraufführungen und Konzerte mit Werken zeitgenössischer Komponisten.

Als Begleiter tritt er mit Sängern auf wie Christian Elsner, Silke Evers, Peter Schöne und Daniela Sindram. Er assistierte bei Gesangskursen von Olaf Bär, Juliane Banse, Frieder Bernius, Konrad Jarnot, Camilla Nylund, Gerhild Romberger, Edith Wiens, u.a.

Meisterkurse, vor allem in Osteuropa und Asien, runden seine pädagogische Tätigkeit ab.

Holger Berndsen unterrichtet seit 2011 an der Hochschule für Musik Nürnberg Vokalkorrepetition, Liedgestaltung und Korrepetitionslehre, seit 1. April 2015 in Vollzeit. An der Hochschule für Musik Würzburg unterrichtete er bereits von 1998-2015 in den Fächern Klavier, Korrepetition und Liedgestaltung. 2011 gründete das Projekt lied!klasse.

Seit dem Wintersemester 2016 ist er erneut an seiner Heimathochschule tätig und hat einen Lehrauftrag für Vokalkorrepetition inne.