Zur Unterstützung des lebenslangen und flexiblen Lernens bietet die HfM Würzburg Zertifikatsstudien in allen Bereichen der Vermittlung von Musik an. Im Zentrum steht der Erwerb künstlerischer und pädagogischer Fertigkeiten in einem weiteren Instrument (Klassik oder Jazz), in Gesang, in Elementarer Musikpädagogik sowie in Tonsatz oder Gehörbildung. Auch parallel zu einem künstlerisch-pädagogischen Bachelor- oder einem Lehramtsstudiengang kann vom 5. - 8. Fachsemester ein Zertifikatsstudium belegt werden. Methodisch ist das Studium nach dem Konzept der Selbstqualifikation und Selbstorganisation aufgebaut. Es wird – auf wissenschaftlicher Grundlage – handlungsorientiert gelernt und praktisch geübt. Das zweijährige Studium ist modular gegliedert und kann berufsbegleitend absolviert werden.

Kooperationspartner sind regionale und lokale Musikschulen, die Hochschule für angewandte Wissenschaften Würzburg-Schweinfurt mit dem Studiengang Angewandte Sozialwissenschaften Würzburg, der Verband Deutscher Musikschulen und der Deutsche Tonkünstlerverband.