In Würzburg geboren, erhielt nach dem Abitur ihre pianistische Ausbildung bei Prof. Kirsti Hjort und Prof. Erich Appel an der Hochschule für Musik in Würzburg, die sie 1998 mit dem Meisterklassendiplom abschloss.

Michaela Schlotter war Teilnehmerin zahlreicher Solo- und Kammermusikkurse, unter anderem in Sveg (Schweden) mit dem Orpheusquartett und in Lichtenberg im Haus Marteau (Deutschland) bei Prof. Barbara Frey. Heute übt sie eine rege Konzerttätigkeit als Solistin und Kammermusikpartnerin aus, welche sie durch Deutschland, Schweden, Italien und Luxemburg führte.

In Konzerten mit dem Bachchor Würzburg und dem Cäcilienverein Frankfurt unter Leitung von Christian Kabitz stellte sie ihre Fähigkeiten als subtil agierende Begleiterin unter Beweis. Eine besondere Liebe der Pianistin gilt der Liedbegleitung. Mehrfach arbeitete sie mit Prof. Dietrich Fischer–Dieskau in Berlin und Prof. Rainer Hofmann in Frankfurt zusammen. Im Jahr 1997 erschien ihre erste CD mit Liedern von Mozart, Schoeck, Hensel und Argento. Michaela Schlotter ist Gast bei renommierten Festivals wie den Würzburger Bachtagen und den Bad Kissinger Klaviertagen.

Als Dozentin in den Fächern Klavier und Liedbegleitung lehrt sie an der HfM Würzburg.