Stefan Fuchs konzertiert als Vertreter des historisch informierten Cellospiels auf „modernen“ Violoncello und Barockvioloncello. Er wirkte bei der Neueinspielung von Bachs Brandenburgischen Konzerten unter der Leitung von Reinhard Goebel und den Berliner Barock-Solisten (Mitglieder der Berliner Philharmoniker) mit, die 2018 mit einem OPUS-Klassik ausgezeichnet wurden.

Er spielte u.a. unter der Leitung von Harnoncourt, Currentsis, Christie,  Minkowski, Hogwood,  Herreweghe, und Hengelbrock.  CD- und DVD Aufnahmen entstanden u.a. für DECCA (CD MARIA mit Caecilia Bartoli), Sony, BMG und Harmonia mundi, u.a. mit dem von ihm mitbegründeten Ensemble Trazom.

Stefan Fuchs unterrichtete zunächst  an der Musikhochschule Karlsruhe, seit 2005 lehrt er an der HfM Würzburg Barockvioloncello, Kammermusik und Aufführungspraxis.

Ersten Violoncello-Unterricht erhielt Stefan Fuchs bei Feuermann-Schülerin Annlies Schmidt-de Neveu in Karlsruhe, später studierte er in München und Zürich, zuletzt in Basel an der Schola Cantorum Basilienses bei Christophe Coin (Barockvioloncello) und Jesper Boje Christensen (Kammermusik, Aufführungspraxis). Meisterkurse bei Maurice Gendron, Paul Tortelier und Anner Bijlsma sowie ein Musikwissenschafts- und Philosophie-Studium an den Universitäten von Hamburg und Freiburg ergänzten seine Ausbildung.

Als Herausgeber editierte er die Rekonstruktion von Johann Christoph Friedrich Bachs Sonate für Violoncello und obligates Cembalo (Schott-Verlag) sowie die Orchesterwerke „Les Elements“ und „Les Characteres de la danse“ des französischen Barockkomponisten Jean Fery Rebel, letztere erstmals vollständig mit den von ihm wiederentdeckten Mittelstimmen.

Stefan Fuchs ist regelmäßig Juror des Deutschen Musikwettbewerbes und des Bundeswettbewerbes „Jugend musiziert“.